Der Name "Saxo-Bavaria" leitet sich von den beiden deutschen Nationes der Prager Universität im Mittelalter ab, nämlich der sächsischen und der bayerischen. Zu dieser Zeit existierten neben diesen beiden auch noch eine polnische und eine böhmische Nation. Nach der Reaktivierung im Jahr 1951 trägt unsere Verbindung den Namen K.a.V. Saxo-Bavaria Prag in Wien (bis 1938 K.D.St.V. Saxo-Bavria Prag).
Nach den schrecklichen Ereignissen des Zweiten Weltkrieges wurde die Bezeichnung K.D.St.V. nicht mehr gewählt, insbesondere nachdem die Verbindung dem Österreichischen Cartellverband beitrat. Die Bezeichnung K.Ö.St.V. wurde ebenfalls vermieden, da viele Mitglieder, darunter Deutsch-Böhmen, Schlesier, Mährer, Deutsch-Untersteirer, Donauschwaben, Bukowina-Deutsche, Karpatendeutsche und Siebenbürger-Sachsen, noch nicht die österreichische Staatsbürgerschaft besaßen.
Die Farben unserer Verbindung bestehen aus dem weiß-rot-grün-weißen Burschenband. Als Kopfbedeckung tragen wir eine dunkelgrüne Mütze im Prager Format. Unser Wahlspruch lautet "Ewigkeit geschwor'nen Eiden!" und stammt aus der 8. Strophe der "Ode an die Freude" von Friedrich Schiller.
Das Band der Burschen Saxo-Bavariae hat die Farben rot und grün auf weißem Grund, das Band der Fuchsen grün-rot-grün, ihm fehlt die Edelfarbe weiß. Beide haben einen goldenen Vorstoß.
Die Farbwahl ist maßgeblich durch das Burschenband unserer Mutterverbindung Vandalia Pragbestimmt (schwarz-rot-hellgrün), aus dem traditionsgemäß zwei Farben für das Band der Tochterverbindung genommen wurden (rot und hellgrün). Das Hinzufügen von Weiß als dritte Farbe ist unter dem historisch belegten Gesichtspunkt zu sehen, dass man bei der Gründung die besonders antiklerikale Burschenschaft Carolina Prag durch die Wahl eines grünen Deckels herausfordern wollte. Da Carolina die Farben hellgrün-weiß-rot führte, wurde durch die Kombination weiß-rot-hellgrün-weiß seitens Saxo-Bavaria ein ganz ähnliches Erscheinungsbild geschaffen.